สถาบันสุขภาพสัตว์แห่งชาติ เป็นองค์กรหลักทางวิชาการด้านสุขภาพสัตว์ของประเทศที่ได้มาตรฐานสากลและเป็นศูนย์อ้างอิงด้านสุขภาพสัตว์ในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้

1. ศึกษา ค้นคว้า วิเคราะห์ วิจัยเพื่อพัฒนาองค์ความรู้ด้านการตรวจวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการด้านโรคระบาดสัตว์ พิษวิทยา โรคติดต่อระหว่างสัตว์และคน การทดสอบชีววัตถุสำหรับสัตว์ การผลิตชีวสารสำหรับการตรวจวินิจฉัยและป้องกันโรคสัตว์เพื่อให้สามารถจัดการด้านสุขภาพสัตว์ ความปลอดภัยของอาหารที่มาจากสัตว์และสุขภาพหนึ่งเดียวได้อย่างมีประสิทธิภาพ
2. ให้คำปรึกษา แนะนำ เกี่ยวกับการการตรวจวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการ ระบาดวิทยา และเป็นแหล่งอ้างอิงด้านสุขภาพสัตว์ การทดสอบชีววัตถุสำหรับสัตว์ โดยมีระบบคุณภาพห้องปฏิบัติการที่เป็นมาตรฐานสากล
3. อนุรักษ์ ศึกษา วิจัยและใช้ประโยชน์จากเชื้อจุลินทรีย์และปรสิตที่สำคัญของประเทศ

1. ศึกษา ค้นคว้า วิเคราะห์ และวิจัยทางห้องปฏิบัติการเกี่ยวกับโรคที่เป็นปัญหาต่อสุขภาพสัตว์ โรคติดต่อระหว่างสัตว์และคน และการตรวจสอบชีววัตถุสำหรับสัตว์

2. ตรวจสอบคุณภาพและความปลอดภัยของชีววัตถุสำหรับสัตว์ให้เป็นไปตามกฎหมายและมาตรฐานที่เกี่ยวข้อง

3. วินิจฉัยและชันสูตรโรคสัตว์ รวมทั้งผลิตชีวสารต้นแบบ เพื่อใช้ในการทดสอบและป้องกันโรค

4. ดำเนินการพัฒนาระบบคุณภาพห้องปฏิบัติการชันสูตรโรคสัตว์และห้องปฏิบัติการตรวจสอบชีววัตถุสำหรับสัตว์ให้เป็นไปตามมาตรฐานสากล และเป็นห้องปฏิบัติการอ้างอิงด้านการชันสูตรโรคสัตว์และการตรวจสอบชีววัตถุสำหรับสัตว์ในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้

5. อนุรักษ์ ศึกษา และใช้ประโยชน์จากความหลากหลายทางชีวภาพของสายพันธุ์จุลินทรีย์ และปรสิตในสัตว์

6. เป็นศูนย์ให้บริการข้อมูลข่าวสารและสารสนเทศด้านระบาดวิทยาทางห้องปฏิบัติการสุขภาพสัตว์และด้านชีววัตถุสำหรับสัตว์

7. ให้คำปรึกษา แนะนำ และถ่ายทอดเทคโนโลยีด้านโรคที่เป็นปัญหาต่อสุขภาพสัตว์ และด้านการตรวจสอบชีววัตถุสำหรับสัตว์

8. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

ที่มา : กฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมปศุสัตว์ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์  พ.ศ. 2557 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 131 ตอนที่ 88 ก หน้า 45-46 วันที่ 30 ธันวาคม 2557